La principal diferència entre les fresadores verticals i les fresadores horitzontals és la disposició vertical de l'eix. A més de les diferents disposicions de cargols, la taula de treball es pot pujar i baixar. Les freses utilitzades a les fresadores verticals són relativament flexibles i tenen una gamma d'aplicacions més àmplia. Es poden utilitzar freses, talladores de màquines, broques, etc. Pot fresar claus, plans de fresat, forats, etc. Les fresadores horitzontals també poden utilitzar diverses eines de tall esmentades anteriorment, però no són tan còmodes com les fresadores verticals. El principal avantatge és que es poden utilitzar marcs penjants per millorar la resistència de les eines de tall (principalment freses de tres cares, freses de xapa, etc.). Pot fresar ranures, planxes de fresat, tall, etc. Les fresadores horitzontals solen venir amb un capçal de fresat vertical, que, tot i que no és tan potent i rígid com les fresadores verticals, és suficient per gestionar les operacions de fresat vertical. Això fa que la funcionalitat general de les fresadores horitzontals sigui més potent que les fresadores verticals. Les fresadores verticals no tenen aquesta característica i no poden processar peces adequades per al fresat horitzontal. La productivitat és superior a la de les fresadores horitzontals.
La fresadora vertical és adequada per processar diverses peces com ara superfícies planes, superfícies inclinades, ranures, forats, etc. És un equip de processament ideal per a indústries com la fabricació mecànica, motlles, instruments, comptadors, automòbils, motocicletes, etc.
Estalviar inversió en equips. Tanmateix, a causa de l'elevat nombre de feines ocasionals en el fresat vertical, aquesta fresadora horitzontal amb capçal de fresat vertical penja el capçal de fresat vertical cada dia. No és tan adequada com una fresadora vertical quan s'utilitza per al fresat vertical. El fresat horitzontal s'utilitza habitualment per mecanitzar engranatges, estriades, ranurar, tallar, etc. Les fresadores verticals no només s'utilitzen per a mecanitzats plans, sinó també per a peces de treball amb formes geomètriques altes, baixes, corbes i rectes, com ara motlles. El fresat vertical pot demostrar molt les seves habilitats.